La mission première du Tribunal administratif fédéral est de statuer sur les litiges de droit public nés d’actes de l’administration fédérale. A ce titre, il tranche les recours interjetés contre des décisions d’autorités fédérales et connaît en première instance des actions de droit administratif. Les décisions des instances fédérales énumérées dans la loi peuvent, en principe, être directement attaquées devant le TAF. Autrement dit, il n’y a plus de voies de droit internes à l’administration, hormis dans les cas où elles sont explicitement prévues par une loi spéciale. Dans ces derniers cas, un recours n’est recevable devant le TAF qu’en deuxième instance, contre une décision sur recours ou sur opposition.
Le Tribunal administratif fédéral statue soit en qualité d’instance inférieure au Tribunal fédéral, soit en qualité de dernière instance, c’est-à-dire sans appel. Il est subordonné au Tribunal fédéral lorsqu’il statue sur des recours «en matière civile» ou «de droit public», qui peuvent, à leur tour, être portés devant le Tribunal fédéral. En revanche, il statue en qualité de dernière instance et donc sans appel sur les affaires qui sortent du cadre des compétences et des attributions du TF prévues par la loi sur le Tribunal fédéral.