Hormis les activités de nature jurisprudentielle, le Tribunal administratif fédéral a pour tâche de surveiller la gestion des commissions fédérales d'estimation. Il doit également nommer la ou le président(e) et les deux suppléant (e)s de chaque commission d'estimation, de même que la moitié des membres de la Commission supérieure d'estimation. Les commissions fédérales d'estimation, au nombre de treize, sont réparties par arrondissements; elles statuent sur les questions relatives à l'expropriation au sens de la loi fédérale sur l'expropriation (RS 711). La Commission supérieure d'estimation est, pour sa part, un ensemble d'experts auquel peut faire appel le Tribunal administratif fédéral.