La procédure engagée devant le Tribunal administratif fédéral est régie par les dispositions de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021), pour autant que la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32) n'en dispose pas autrement (art. 2 al. 4 PA; art. 37 LTAF). L'essentiel des règles de procédure applicables au Tribunal administratif fédéral est ainsi contenu dans la PA. Les prescriptions de la LTAF qui s'en écartent sont peu nombreuses et portent non pas sur le déroulement général de la procédure, mais sur des spécificités du tribunal (art. 38 à 44 LTAF).
Il faut noter que la PA s’applique sous réserve d’autres dispositions du droit fédéral réglementant une procédure plus en détail, dans la mesure où celles-ci ne sont pas contraires à la PA (art. 4 PA). De même, la PA s’efface devant les dispositions procédurales prévues par d’autres lois fédérales plus récentes, si telle est explicitement l’intention du législateur. Ce constat se vérifie notamment pour la législation sur l’asile.
S'agissant de la procédure probatoire , la PA renvoie en plusieurs points, à titre complémentaire, à la loi sur la procédure civile fédérale (PCF, RS 273, cf. art. 19 PA). Ces dispositions s'appliquent donc également à la procédure engagée devant le Tribunal administratif fédéral.
Quant à la procédure par voie d'action, où le tribunal est saisi en première instance (art. 35 s. LTAF), elle est essentiellement régie par les dispositions de la PCF (art. 44 LTAF). L’art. 44 al. 2 de la même loi dispose, par ailleurs, que dans la procédure par voie d’action, le TAF établit les faits d’office. Autrement dit, le tribunal ne peut pas tenir des faits pour prouvés pour la simple raison qu’ils ne sont pas contestés. Mais la maxime inquisitoire ne libère pas pour autant les parties de leur obligation de collaborer, puisqu’elles sont tenues, en particulier, de produire un mémoire relatant les faits et les moyens de preuve à l’appui de leur demande (art. 19 ss PCF).