Für das Verfahren vor Bundesverwaltungsgericht sind die Bestimmungen des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (VwVG, SR 172.021) massgebend, soweit das Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (VGG, SR 173.32) nichts anderes bestimmt (Art. 2 Abs. 4 VwVG; Art. 37 VGG). Das VwVG stellt somit die grundlegende Verfahrensordnung für das Bundesverwaltungsgericht dar. Abweichend davon enthält das VGG nur wenige eigentliche Verfahrensvorschriften. Diese betreffen zudem nicht den allgemeinen Gang des Verfahrens, sondern spezifische Fragen des Gerichts (Art. 38-44 VGG).
Zu beachten ist, dass das VwVG seinerseits Bestimmungen des Bundesrechts, die ein Verfahren eingehender regeln, vorbehält, soweit sie den Vorschriften des VwVG nicht widersprechen (Art. 4 VwVG). Auch verdrängen jüngere Verfahrensvorschriften anderer Bundesgesetze das VwVG, wenn der spätere Gesetzgeber dies unmissverständlich gewollt hat. Beispiele dafür finden sich insbesondere im Asylgesetz.
Für das Beweisverfahren verweist das VwVG ergänzend streckenweise auf das Bundesgesetz vom 4. Dezember 1947 über den Zivilprozess (BZP, SR 273, vgl. Art. 19 VwVG). Die entsprechenden Bestimmungen des BZP gelten demnach auch im Verfahren vor Bundesverwaltungsgericht.
Das Klageverfahren, in dem das Bundesverwaltungsgericht erste Instanz ist (Art. 35 f. VGG), richtet sich weitgehend nach dem BZP (Art. 44 VGG). Im Klageverfahren stellt das Bundesverwaltungsgericht den Sachverhalt von Amtes wegen fest (Art. 44 Abs. 2 VGG). Das Gericht darf deshalb unbestrittene Vorbringen nicht ohne weiteres als erwiesen betrachten. Die Untersuchungsmaxime entbindet die Parteien jedoch nicht von der Pflicht zur Mitwirkung. Insbesondere haben sie die Rechtsschriften mit den erforderlichen Angaben und Beweismitteln einzureichen (Art. 19 ff. BZP).