Il compito principale del Tribunale amministrativo federale è quindi di giudicare le controversie di diritto pubblico derivanti dall’ambito di competenze dell’Amministrazione federale. Il Tribunale decide sui ricorsi contro le decisioni di autorità federali e decide in prima istanza su determinate azioni derivanti dal diritto amministrativo federale. Di norma, le decisioni delle autorità inferiori della Confederazione menzionate nella legge possono essere impugnate con ricorso direttamente davanti al Tribunale amministrativo federale. Non è più previsto un iter ricorsuale all’interno dell’amministrazione, sempreché una legge speciale non disponga altrimenti. Se è il caso, il ricorso al Tribunale amministrativo federale è ammesso soltanto a partire dal momento in cui viene pronunciata una decisione su ricorso o su richiamo.
Il Tribunale amministrativo federale giudica o come autorità inferiore del Tribunale federale o come ultima giurisdizione, rispettivamente, giurisdizione unica. Nella misura in cui le decisioni del Tribunale amministrativo federale attinenti ai "ricorsi in materia civile" o ai "ricorsi di diritto pubblico" sono impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale, il Tribunale amministrativo federale decide in qualità di autorità inferiore del Tribunale federale. Il Tribunale amministrativo federale pronuncia per contro decisioni definitive - diventando quindi l’autorità giudiziaria suprema - nei casi in cui la legge sul Tribunale federale esclude la competenza del Tribunale federale.