Oltre all'attività giudicante, al Tribunale amministrativo federale compete la sorveglianza sulla gestione delle 13 Commissioni federali di stima. Esso ne elegge i presidenti e i loro due supplenti ed é pure organo di nomina della metà dei membri della Commissione superiore di stima. Alle 13 Commissioni di stima, una per ogni circondario in cui é suddivisa la Confederazione, compete la gestione delle procedure di espropriazione in base alla legge federale sull'espropriazione (LEspr, RS 711). La commissione superiore di stima é per contro un gremio di esperti, cui il Tribunale amministrativo federale può far capo per questioni che richiedono competenze speciali.