Alla procedura davanti al Tribunale amministrativo federale si applicano le disposizioni della legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA; RS 172.021), sempreché la legge federale del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF; RU 2006 2197) non disponga altrimenti (art. 2 cpv. 4 PA; art. 37 LTAF). La PA rappresenta quindi il regolamento di base per il Tribunale amministrativo federale. In deroga a ciò la LTAF prevede soltanto poche norme di procedura vere e proprie. Queste ultime inoltre non concernono l’iter generale della procedura, bensì questioni specifiche del Tribunale (art. 38 - 44 LTAF).
Va notato che, dal canto suo, la PA prevede l’applicazione di disposizioni del diritto federale che regolano più compiutamente un procedimento, sempreché non siano contrarie alle disposizioni della PA (art. 4 PA). Anche norme di procedura più recenti di altre leggi federali prevalgono nei confronti della PA se il legislatore, in sede successiva, lo ha espressamente voluto. La legge sull’asilo è colma di simili esempi.
Per quanto riguarda la procedura probatoria, la PA rimanda in parte e a titolo complementare alla legge di procedura civile federale (art. 19 PA). Le relative disposizioni della PC si applicano quindi anche alla procedura davanti al Tribunale amministrativo federale.
Il procedimento promosso mediante azione, nell’ambito del quale il Tribunale amministrativo federale giudica su azione in prima istanza (art. 35 seg. LTAF), si orienta ampiamente alla PC (art. 44 LTAF). Nell’ambito del procedimento promosso mediante azione il Tribunale amministrativo federale accerta d’ufficio i fatti (art. 44 cpv. 2 LTAF). Il Tribunale non può quindi ritenere automaticamente provati i fatti incontestati. La massima inquisitoria non dispensa tuttavia le parti dall’obbligo di collaborare. Esse devono, in particolare, presentare gli atti scritti corredati dei dati e dei mezzi di prova necessari (art. 19 segg. PC).